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토 모에다 초등학교 4학년생인 키노모토 사쿠라는 운동을 잘한다는 것을 제외하곤 너무나 평범했던 소녀. 그녀는 어느날 지하 서재에서 크로우카드가 봉인되어있던 책을 펼치게 되고, 우연히 윈디카드를 사용하여 봉인되있던 카드를 날려 버리고 만다. 결국 사쿠라는 봉인의 마수 케르베로스의 도움으로 카드캡터가 되어 세상에 제앙이 일어나기전 흩어진 카드를 모아야하는 처지에 놓이게 된다. 조금씩 카드캡터로서의 실력을 쌓아는 사쿠라는 크로우카드를 보으는 중국소년 사오란, 신비한 힘을 가진 미도리 선생님을 만나게 되고, 결국 카드를 다 모음으로서 최후의 심판을 받게된다. 최후의 심판 후, 진정한 카드의 주인이 된 사쿠라앞에 영국으로부터의 전학생 에리올이 나타나고, 그는 자기의 전체가 크로우카드를 만든 크로우의 환생이라는걸 숨긴채 사쿠라를 시험한다. 사쿠라는 크로우카드를 완전히 자기것으로 사용해야만하는 환경속에서 크로우카드를 사쿠라카드로 변화시켜나가게 되고, 그러는 사이 샤오란과의 사랑이 싹트게 된다. 사쿠라카드가 거의 완성될 무렵, 에리올은 정체를 드러내고 사쿠라에게 마지막 시련을 주게된다.